अनुशासनिक एवं अपील मामले शाखा, आयोग के परामर्श हेतु विभिन्न मंत्रालयों/ विभागों तथा राज्य सरकारों से प्राप्त अनुशासनिक मामलों को निपटाती है जैसा कि भारत के संविधान के अनुच्छेद 320(3)(ग) के अंतर्गत अपेक्षित है कि ऐसे व्यक्ति, जो भारत सरकार या किसी राज्य की सरकार की सिविल हैसियत में सेवा कर रहा है, पर प्रभाव डालने वाले, सभी अनुशासनिक विषयों पर, जिनके अंतर्गत ऐसे विषयों से संबंधित अभ्यावेदन या याचिकाएँ हैं, पर संघ लोक सेवा आयोग का परामर्श लिया जाएगा। संगत पेन्शन नियमावली के अंतर्गत भी, जहाँ राष्ट्रपति महोदय किसी सेवानिवृत्त सरकारी कर्मचारी की पेन्शन को रोकने या समाप्त करने का प्रस्ताव करते हैं; में भी आयोग से परामर्श लिया जाना अनिवार्य है। तदनुसार, मंत्रालयों/ विभागों तथा राज्य सरकारों द्वारा अनुशासनिक मामले आयोग के परामर्श हेतु भेजे जाते हैं।
